Jacob David Bekenstein è nato nel 1947 a Città del Messico da ragazzo cercava di realizzare a casa esperimenti di chimica e di fisica, alcuni addirittura pericolosi. Intorno al 1960 aggregò intorno a queste imprese un paio di amici della scuola secondaria e decisero di costruire un razzo. Prepararono il carburante e gli ossidanti con prodotti chimici acquistati, con i loro risparmi, in un negozio di forniture mediche e chimiche.

I lanci, che erano sempre accompagnati da un grande boato e spesso da un’esplosione, perlopiù avvenivano nel cortile della scuola, cosa che non li mise in bella luce con il preside. All’età di quindici anni, si trasferì con la famiglia negli Stati Uniti.

Iniziò le scuole secondarie a Houston, in Texas, e le terminò a New York, nel quartiere di Brooklyn. Si appassionò all'astronomia ma scelse di frequentare la facoltà di fisica.

Ha contribuito alla fondazione della termodinamica dei buchi neri e ad altri aspetti riguardanti la connessione tra l’informazione e la gravitazione. È Polak Professor di Fisica teorica presso l’Hebrew University di Gerusalemme, membro della Israel Academy of Sciences and Humanities, e vincitore della Rothschild Prize in Physics.
Fu il primo a suggerire che i buchi neri avevano una entropia ben definita.
Attualmente insegna al Racah Institute of Physics della Hebrew University di Gerusalemme, dove si occupa di astrofisica e cosmologia. Ha collaborato con John Wheeler e altri famoso scienziati.

La maggior parte delle sue ricerche sono collegate al problema della gravitazione, uno dei settori più vecchi della fisica, ma anche quello che sta attraversando una grande rivoluzione.